環境汙染造成我國水產品質量嚴重下降。監測結果表明，我國部分貝類產品體內殘留有石油烴、砷、鎘、汞等有毒物質；近岸、內灣、河口等捕撈水產品及內陸養殖的水產品受到多環芳烴、汞和鎘等重金屬的汙染。赤潮瀕發導致部分地區麻痹性貝毒和腹瀉性貝毒中毒現象時有發生。2001年由於我國貝類、對蝦等水產品因毒物、藥物殘留指標不合格，被歐盟等國拒絕進口，給我國水產品貿易造成了很大的損失，也對我國水產品在國際市場上的聲譽造成了惡劣的影響。
受環境汙染、工程開發建設項目如圍墾、填海、築壩、取沙等活動影響，許多優良的產卵場、采苗場、育肥場和增養殖場的漁業功能喪失，漁業生態環境受到嚴重破壞，漁業資源的增殖與恢復能力下降，主要經濟水生生物資源都有不同程度的衰退，重要漁區的漁獲物種類日趨單壹，漁獲物逐漸朝著低齡化、小型化、低質化方向演變，多數傳統優質魚種資源大幅度下降，難以形成漁汛。渤海作為我國最重要的漁業生產基地，1959 年單位網產平均在 221～43kg/網/小時之間，主要經濟魚種產量達 138.8kg/網/小時，而到 1998 年產量下降了近 90%，漁獲主要種類的產量 11.18kg/網/小時。東海區的漁獲物在 20世紀 50年代和 60年代，是以底層優質魚為主，優質魚分別占總產量的 48.3%和 55.4%。而進入 20 世紀 80 年代，優質魚所占的比例降低到 30.4%。長江四大家魚的魚苗由 70 年代年產 200 億尾下降到目前的 10億多尾。四大家魚產卵場由於汙染和環境的改變已幾乎消失，鰣魚產卵場也已不復存在，許多珍稀魚類資源量已大幅度（五）生物多樣性受到破壞，嚴重危及漁業產業賴以生存和發展的物質基礎 水生生物資源棲息環境的汙染導致了水生生物組成結構的變化，具體表現為經濟動植物資源持續下降，水域生物種群結構單壹，水生生物多樣性在不同程度上遭到嚴重破壞。監測資料表明，我國水生動物中珍稀瀕危動物的物種數目逐年增多，大黃魚、鰳魚等重要經濟魚類嚴重衰退，渤海三大毛蚶場場資源已接近枯竭。在內陸水域，水生野生動物的物種數量和資源量也呈下降趨勢，壹些珍稀物種瀕臨滅絕，有“長江女神”美譽的白暨豚目前已不足 100頭，長江白鱘、鰣魚、松花江大白魚等名貴經濟魚類已難見蹤影。最新資料顯示，幾乎所有的水生獸類、相當數量的水生兩棲類處於瀕危狀態。淡水魚類中的瀕危種類目前已達到 92種，占淡水魚類總數10%。這些瀕危魚類主要包括鯉科魚類 52 種，鮎類 11 種，鱘魚類 5 種，鮭鱒魚類 6 種，其他（包括鰻鱺）種類 18種。水生生物多樣性是漁業產業賴以生存和發展的物質基礎，生物多樣性的下降將會動搖漁業產業發展的物質基礎。
漁業水域面臨的汙染主要來自以下三個方面:
壹是城市生活汙染、工業汙染
經濟發展戰略的逐步實施, 周邊新型城市也迅速形成。每年有大量生活汙水排放, 城市汙水處理能力有限，並且大多數汙水處理廠采用的工藝尚不能滿足除磷脫氮要求, 造成近海汙染。生活中洗菜 洗衣服 沖洗廁所等產生的汙水排放量逐漸加大，造成生活用水對消落帶水環境的汙染逐漸加大，為了庫區消落帶區域的經濟快速發展 必須加快庫區消落帶地區生活汙水處理的基礎設施建設，減少汙染物的排放量。消落帶的形成是由於庫水的季節性水位漲落，這樣就會使消落帶地區的土壤受到很多負面的影響。主要是庫水的汙染物通過壹系列的物理變化與化學變化不斷地在土壤中富集。進而對土壤的生理性能產生影響，土壤被淹沒時土壤中的養分，汙染物就會被溶解和吸附在水體中，它是壹個復雜的過程。
據國家海洋局《2006年中國海洋環境質量公報》顯示, 2006年渤海海域汙染嚴重, 未達到清潔海域水質標準的面積約 2萬 k m2, 占渤海總面積的 26%。海洋汙染主要來自陸源排汙、 人工養殖等。 2006年渤海海域中, 嚴重汙染、 中度汙染、 輕度汙染和較清潔海域面積分別約為2 770、 1 750 、 7 370和 8 190 k m2, 嚴重汙染和輕度汙染海域面積均比 2005年增加約 1 000 km2, 與 2002年相比, 渤海輕度汙染、 中度汙染、 重度汙染面積分別增加 5 230、 1 290和 1 760km2，分別增長 2 . 4倍、 2 . 8倍和 1 . 7倍。
由於海岸線較長,入海河流較多,加上沿河工業發展較快, 以及個別地方環境保護意識薄弱, 汙水處理設施和汙水集中處理場所設置不完備, 致使上遊工業及生活汙染物對海洋環境造成的汙染事故時有發生。特別是各縣區間交界和省間交界處河流所造成的陸源汙染問題十分突出。
由於陸源汙染物的大量排放，漁業水域生態環境趨於惡化。有關數據顯示，近海約 20.6萬km2的海域海水水質超過壹類海水水質標準，其面積比 20 世紀 90 年代初擴大近 1 倍，二類海水水質標準的水域面積為 10.2萬 km2，三類海水水質標準的水域面積為 5.4萬 km2，四類和超四類海水水質標準的水域面積為 5.0 萬 km2。在內陸，長江幹流沿江 22 個城市江段在 20 世紀 70年代中期每日接納汙水總量為 1436.5萬噸，而到 1996年則猛增到 4000萬噸。據統計，長江全流域汙染源有 1萬多個，每年有 122億噸廢水排入江湖。黃河在 20世紀 70年代的年汙水接納量為 18.5億噸，20世紀 80年代增加到 21.7億噸，90年代猛增到 32.6億噸。目前全國有 82％的江河、湖泊受到不同程度的汙染，流經城市的河流和市區及市郊的湖泊水質狀況更差。據環境保護部最近公布的數字：全國日排放汙水總量已達 1.3 億噸，80％以上未經任何處理直接排放到江河湖庫中，78％的流經城市的河流已被汙染。環境汙染造成壹些重要經濟魚類的產卵場、索餌肥育場和漁場受到汙染。
化工廠、 農藥廠、 造紙廠, 工業汙水的排放是造成海域汙染的重要因素。最重要的汙染是鉛、鎘汙染。其主要來自工業廢水 廢渣 鉛能使土壤肥效退化 土質降低 從而讓農作物不能有效順利地生長。此外，被農作物吸收後，這些有害元素將會通過生態平衡中的食物鏈傳送到人體內鎘在環境中具有穩定 積累和不易消除的特點 通過食物鏈富集使人體產生慢性中毒 鎘汙染可能最終引發“痛痛病”。有研究報道，通過多種方法評價重金屬汙染狀況 結果表明主要汙染因子為鎘，生態風險影響因子的順序為鎘>鋅>鉛>銅>鉻。潛在生態風險因子的順序為鎘>鋅>鉛>銅>鉻。沿岸有除油田鉆井平臺的汙油對漁業資源造成嚴重威脅外，油田開發帶動油品貿易及運輸的繁忙同時也增加了船舶事故溢油的頻發。
圍填海對傳統漁業水域的占用影響漁業生產。目前我省圍填海速度較快、 面積較大、 範圍較廣,尚無詳細的圍填海規劃以及總量控制和年度控制指標。涉海工程傾倒區的建設,隨著涉海工程增加,傾倒區占用和傾倒引起的泥沙對漁業生態環境的影響也越來越嚴重。港口等涉海工程項目施工期和報廢期對漁業生態環境的影響, 目前對涉海工程項目及配套工程在使用期內的排汙管理比較規範, 但在項目施工期和報廢期的監管存在壹定問題。
二是養殖業自身汙染。
由於海上養殖開發利用不盡合理,造成局部生態承載壓力較大,對海水水質產生壹定影響,養殖廢水的直接排放,造成海水水質中氮、 磷等物質含量有壹定增加。陸源汙染物是河流汙染的主要因素,進而影響海洋生態環境質量, 因此對於陸源物汙染的治理, 解決河流汙染問題, 是保護海洋資源環境的關鍵。我省境內的主要入海河流 47條,入海河流上遊因工農業和生活用水需要建設眾多水庫, 加上近年來北方氣候幹旱,河道灌溉等用水量大,河流自身徑流量不足。
壹般認為養殖對蝦餌料系數在1.2～1.5之間，即養成1kg對蝦需要投餵1.2kg～1.5kg配合飼料。以幹物質計算對蝦對飼料有機物質的轉化利用率在20%左右，約有80%的飼料幹物質進入養殖環境中。這些物質以對蝦排泄物、殘餌等形式進入養殖池塘。與壹般養殖魚類不同，由於對蝦通常在遊動中抱食啃咬飼料，飼料顆粒因破碎、溶散及丟棄產生很高的浪費率。而對蝦腸道短，消化排出快，所以飼料的消化和吸收率也偏低。實驗表明對蝦養殖投餵餌料只有75%被對蝦攝食，其余以殘餌（約占15%）、溶解（約占10%）等形式散失在養殖池。對蝦攝食的飼料中5%的氮被蝦同化，15%通過糞便排放，其中有5%的氮以氨氮形式直接排放，8%以有機氮形式排放。對蝦每攝食1kg飼料大約產生0.27kg（幹重）糞便、0.25kg懸浮顆粒物和6.12g氨態氮。楊逸萍等在研究人工投餌蝦池固體廢棄物代謝負荷時發現，30%的飼料不能被蝦利用而沈澱於池底。我國沿海地區養蝦產量為80萬噸，排入海洋環境中的殘餌數量也是相當可觀的。這些有機汙染物壹部分轉化成浮遊植物、原生動物、浮遊動物、微生物等生物體進入再循環，壹部分以溶解態和固態物質存留水體和底質中。
養殖過程中產生的殘餌和糞便等在海底堆積、分解，使沈積物中有機質和硫化物等含量增加，養殖自身汙染問題加重。人工投餌蝦池的淤泥中含有62%～68%的N，殘餌溶出的N、P營養鹽是對蝦養殖水環境及其鄰近海域的主要汙染源。有研究發現在鮭魚網箱養殖區下部沈積物的C和N的通量很小，每年只有約10％的有機物可得到分解，79％的C和88％的N沈積(相當於飼料輸入C的23％，N的21％)將積累於底部，無法被生物利用。養殖產生的有機和無機廢物可直接引起養殖池塘底質中有機物負荷增加、富營養化現象，如BOD增加、缺氧等。其他的影響還有池塘土壤的酸化、生物多樣性降低、病原體增加、水華發生等，最終可能導致對蝦養殖失敗。
集約化養殖通過高密度集中飼養和高強度飼料投餵實現高產出。養殖過程自身汙染物的輸出，主要包括殘餌、糞便和排泄物等，這些汙染物或者導致養殖系統本身水質惡化，或者通過養殖廢水的排放對沿岸水域產生汙染效益，甚至導致富營養化。養殖過程的健康與養殖產品的健康同樣重要，這已經得到了廣泛的認可。
海水養殖破壞海洋生態平衡。
由於海洋漁業資源的銳減使得海水養殖業得到迅猛發展, 過去 20年間全球海水養殖產量以每年 10%的速度增加。水產養殖過程中的殘餌、糞便中所含的氮、 磷等營養物質以及懸浮顆粒物和有機物會成為水體富營養化的汙染源,給魚蝦的生存帶來威脅, 影響渤海的海洋捕撈量。另外, 網圍精養采取高密度放養, 藥物使用量增加, 並大量投餵外源性餌料, 致使排泄物增加, 水中氮、 磷等營養要素和有機物含量猛增。通過對精養蝦池中的物質平衡的研究,發現在養殖過程中只有 10%的氮和 7 %的磷被吸收, 其他都以各種形式進入環境。
養殖區域底泥中氮、 磷的含量和耗氧量比周圍水體沈積物中的含量要明顯高出很多。殘餌和排泄物在底質堆積, 促使微生物活動的加強, 也加速營養鹽的再生。同時, 在養殖過程中死亡的生物體沈降分解增加底泥裏的氧的消耗, 在缺氧條件下會產生硫化氫和氨氣等有毒物質。
水產養殖對海洋生物的影響還體現在養殖逃逸魚類對其臨近海洋生物的影響。海水養殖逃逸的魚類可能對疾病的傳播、 野生群體遺傳組成的改變等產生副作用, 可能會將地方流行病傳給野生種群。
三是毒害入侵困擾海洋水產業
壹些病毒侵入亦導致渤海的海洋生物生存受到很大影響,其中最典型的是蝦毒。由於病毒存在於動物的細胞內, 難以根治, 加上它垂直和水平都能傳播,使多種生物都成為病毒載體, 如天津的厚蟹、 鹵蟲等, 增加了傳播途徑, 難以有效控制, 制約著漁業的發展。據估算,如能合理的開發利用,減輕蝦病蔓延, 預估計渤海的水產量在 2010年將達到 700萬 t 。如盲目地增加養殖密度, 導致養殖物種病害的瀕繁發生。例如, 由於長期不合理的高密度養殖等原因, 1993年 6月,曾在沿海水產養殖暴發大面積蝦瘟, 發病養殖面積占當時全國對蝦養殖總面積的 76%, 減產近 12萬 , t 直接經濟損失 35億元, 間接經濟損失達 86億元。
加大水汙染治理，控制投入品數量，保護養殖水域生態環境。
魚兒離不開水，水是水產養殖的第壹要素，水質好壞關系到養殖產量的高低和養殖產品質量的優劣，好水才能出好魚，才能創高產。根據現階段養殖水域環境狀況，必須防止工業、農業、生活汙水的汙染，同時還要防止養殖汙染。壹是要嚴格控制汙水汙染養殖水體，工業廢水、城市生活汙水必須進行處理，做到達標排放，防止汙染死魚事件發生。二是要科學使用養殖投入品， 防止因多投、 濫投而造成養殖汙染。飲用水源的水庫必須全面禁投 （禁投餌、 肥、 藥）， 保障供水需要， 確保居民用水安全； 大湖、 大庫要禁投或局部禁投， 大湖要保持有相當數量的水生植物， 特別是沈水植物， 維持Ⅱ—Ⅲ類水質；中小湖、 庫也要限投， 嚴防水體富營養化， 保持Ⅲ類水質。通過禁投、 限投， 全力保障湖、庫水域環境、 水產品質量和生態平衡。
要嚴格控制過度捕撈, 保護近海、 淺海漁業資源, 積極開發外海、 深海漁業資源,穩步發展遠洋漁業, 渤海捕撈漁業的發展應采取“保近捕遠”的戰略, 在捕撈對象和安排上采取“保底補表”的策略。當前, 渤海汙染治理的重點是加強對直接入海的工業廢水治理, 大中城市毗鄰海域的汙染治理, 以及入海河流域的汙染治理。以渤海環境容量確定汙染物排放總量和主要汙染物的總量分配及陸源排汙入海的標準, 並通過容量資源的合理規劃和使用, 解決汙染排放問題。因此, 可以再造渤海的漁業新環境，如建人工魚礁，植紅樹林等。人工魚礁是人為的在水域中設置構造物,以改善水生生物棲息環境,阻礙破壞性捕撈行為, 為魚類等生物提供索餌、 繁殖、 生長發育等場所, 以此達到保護、 增殖資源和提高漁獲質量的目的。
近 20多年來已有很多沿海國家都投放了人工魚礁。其中, 近幾年日本國家和地方政府每年投資約 600億日元用於人工魚礁建設,建礁規模約 600萬 m3。美國建造人工魚礁的主要目的是發展遊釣休閑漁業, 而渤海則是更好的保證渤海漁業的質量和資源的可持續利用。以渤海環境容量確定汙染物排放總量和主要汙染物的總量分配及陸源排汙入海的標準, 並通過容量資源的合理規劃和使用, 解決汙染排放問題。
重開發、重保護。以科學發展觀統領區域經濟和社會發展， 忽視自然規律， 對洪湖濕地自然資源進行掠奪式開發。決策者應對湖泊生態環境變化的規律認識正確，遵守生態系統自然規律， 不斷加大湖泊開發力度，同時加大保護力度。
保護與治理資金投入充分保障。多年積累下來的汙染源沒有得到有效的治理， 致使生態功能嚴重退化， 盡管提出搶救性保護以來， 但漁民的安置壓力和生產、 生活方式沒有得到有效提升， 拆圍戰果面臨新的挑戰。 加上生態修復、治理資金投入嚴重不足， 管理經費得不到保障，治理成效存在潛在的反彈威脅。
生態環境治理科學技術要跟上去。生態系統治理必須標本兼治， 但保護與治理技術相對落後。 目前綜合治理方案與措施不夠科學、 全面。 有些措施只能治標、 不能治本， 甚至有嚴重的副作用。 主要表現在科技力量薄弱， 科研經費得不到保障， 治理措施落後。 科學利用、 科技管理急待強化。
水域保護與開發缺乏有效的管理運行機制和法律支撐。上下遊之間、地區之間開發聯合、 ***同保護。 與此同時， 管理部門和地方政府在保護與開發的思路上形成統壹的規劃方案，強調集體利益。 涉及管理的水利、環保、 農林、 漁業、 旅遊、 交通、 國土等部門， 各自按照自己的職責範圍行政，形成有效的協商溝通機制。