小巴魚的毒性是食物的毒素在體內積蓄，積蓄的毒素主要存在於性腺、肝臟、脾臟、眼睛、皮膚、血液等部位，卵巢和肝臟有劇毒，因此不論是野生的還是養殖的，必須將這些部位清理幹凈。
有的人吃河豚不去皮，這是不可取的，人工飼養的盡量減輕了食物中的毒素，但還是有微量存在，最好不要自己處理，應該請有經驗的專業廚師處理。