根據上述職責，市商務局設20個內設機構：
（壹）辦公室。負責工作目標、文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作；承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、後勤和機關固定資產管理等工作；負責辦理人大代表建議和政協委員提案；牽頭負責指導商務行業安全生產工作。
（二）綜合與宣傳處。研究全市商務和服務業發展的工作重點，協調重大課題調研；起草全局綜合性文件和重要會議材料；負責服務業對外宣傳和新聞報道工作。
（三）重點項目處。擬訂加快全市服務業發展的政策措施；牽頭負責服務業重大項目促進和建設工作，負責相關信息管理、統計監測和省、市重點項目申報工作；指導區（市）縣開展服務業重大項目策劃和投資促進工作；承擔市政府服務業發展領導小組辦公室的日常工作。
（四）規劃建設處。擬訂全市服務業戰略功能區產業發展規劃；指導和評審全市現代服務業重點集聚區產業規劃、布局規劃、控制性詳細規劃的編制、建設與管理；擬訂現代服務業重點集聚區專項目標並監督考核。
（五）流通產業處。擬訂城鄉商業網點建設規劃及相關政策；擬訂商貿流通行業規範和標準；牽頭負責成都商貿中心建設，指導全市主力商圈和特色商業街區建設；負責推進商貿流通產業結構調整和商務系統品牌建設；負責推進連鎖經營、物流配送等現代流通方式發展；負責家電以舊換新工作。
（六）民生服務處。負責民生服務行業的管理、指導和協調工作；負責再生資源回收、家政服務等行業管理及體系建設工作；監督管理典當、拍賣行業；負責報廢汽車回收（含拆解）、老舊汽車更新工作。
（七）電子商務處。研究國內外電子商務發展動態，擬訂全市電子商務產業發展規劃、促進電子商務產業發展的政策措施以及電子商務企業管理、運營和服務等規範並組織實施；指導電子商務應用推廣和服務創新工作。
（八）餐飲產業處。牽頭負責國際“美食之都”建設；擬訂全市餐飲業發展規劃、政策並組織實施，推進餐飲產業品牌化、連鎖化、國際化發展以及餐飲業“老字號”的振興發展；參與聯合國教科文組織創意城市聯盟的活動，組織開展成都美食的國際推廣與交流合作工作。
（九）農村市場處。負責商務行業統籌城鄉工作，組織實施農村現代流通體系建設；指導、協調商貿流通企業建立和擴大農產品進銷渠道；負責中心城區菜市場規劃布局，推進農產品批發市場和菜市場標準化建設及農村商業網點建設；指導全市繭絲綢行業發展。
（十）市場秩序處（掛成都市酒類專賣管理局牌子）。負責規範商務行業秩序和誠信體系建設工作；負責酒類流通和生豬屠宰管理，指導商務行政執法工作；監測、統計、分析市場運行、商品供求信息，進行預測預警和信息引導；負責應急供應管理工作，組織實施重要消費品市場調控及儲備管理，建立健全生活必需品市場供應機制；指導商務行業協會的工作。
（十壹）對外貿易管理處（掛成都市機電產品進出口辦公室牌子）。擬訂促進轉變外貿增長方式的政策措施，按照商務部授權審核、轉報、分配、管理進出口商品配額和對外貿易經營者備案登記管理；管理和指導加工貿易工作，擬訂鼓勵加工貿易發展的政策措施；負責管理和促進機電、高新技術產品進出口；指導我市企業與港澳臺的商貿合作；組織並指導企業赴境外參加各種商貿交易會、展覽會、洽談會等貿易促進活動；負責進出口業務統計。
（十二）服務貿易處。擬訂全市服務貿易發展規劃；擬訂推動服務貿易相關產業發展的政策，提出並組織實施加快服務外包、軟件出口等重點服務貿易行業發展的措施；負責服務貿易發展的統籌協調和標準化工作。
（十三）國際經貿關系處（掛成都市世界貿易組織事務辦公室牌子）。負責全市對外經貿交流合作和多雙邊（區域合作除外）經貿合作；聯系外國和香港、澳門特別行政區及臺灣地區常設駐蓉商務代表機構；牽頭負責全市總部經濟發展工作；負責全市涉及世界貿易組織相關事務的指導和服務工作。
（十四）對外經濟合作處。依法監督管理全市境外投資、對外承包工程和對外勞務合作等工作；擬訂我市中國公民出境就業管理政策，負責境外就業職業介紹機構認定、初審和監督檢查；管理我市承擔的國家對外援助任務；管理多雙邊對我市的無償援助和贈款（不含財政合作項目下外國政府及國際金融組織對我市贈款）等發展合作業務，牽頭負責商務行業區域合作工作，負責外地政府駐蓉辦事處的備案登記等工作。
（十五）企業服務處。負責商貿企業改革遺留問題處置及信訪、維穩工作；牽頭管理受市國資委委托代管的國有（國有控股）商務企業，指導企業實現國有資產的保值增值和有效經營。
（十六）財務處。指導、協調服務業與商務行業有關的財政、稅收、信貸、價格、外匯、保險等政策的執行並提出建議；編報全市服務業專項資金的預算和使用計劃，管理各項資金並對使用情況進行監督；負責受市國資委委托代管的國有（國有控股）商務企業的財務監督管理；負責局機關財務管理工作。
（十七）人事處。負責局機關及直屬單位的人事管理、隊伍建設、機構編制等工作；指導全市商務人力資源開發工作。
（十八）紀檢監察處（掛行政審批處牌子）。負責局機關及直屬單位的紀檢監察工作；承辦市政府公布的有關行政審批事項。
（十九）離退休人員工作壹處。負責局機關離退休人員管理工作，指導局直屬單位的離退休人員管理工作。
（二十）離退休人員工作二處。負責局機關離退休人員管理工作，指導局直屬單位的離退休人員管理工作。
機關黨的組織按照黨章和市委有關規定設置。