2005年3月18日，光合作用書房旗艦店在告別中山路壹年之後，返程中山，重新起航。旗艦店的經營面積達1200平方米，圖書品種保持在3萬左右，主營圖書有人文社科、文學藝術、商務經濟、語言考試、親子生活、童書、音像軟件等。店內二樓悅讀咖啡館亦將不定期舉辦各種沙龍及文化活動。
地址：中山路219—225號1F、2F
電話： 0592-2101859
營業時間：9 ：00 —— 22：00
濱南店
光合作用·陽光書坊創始店。寧靜的悅讀標本，珍藏在城市的後街。
1995 年 11 月開業。
定位為社區店，主營生活、財經、藝文類圖書。
地址：湖濱三裏六號 101
電話： 0592—5096423
營業時間： 9：00 —— 22：00
廈大店
最為純粹的悅讀時光，隨美麗校園凝聚。
1996 年 8 月，廈大老街的老店，現已不復存在，成就“財經學術為長”的定位。 2000 年 6 月，老店搬遷換新顏，並增設悅讀咖啡館。營業面積從 80 平方米擴充至 400 平方米。 2003 年 1 月，再次擴大營業空間，新增 300 平方米的營業面積。定位以“人文、財經、語言”為主的校區店。重視與大學師生的信息交流與互動，深受師生讀者的尊重與信賴。
地址：思明南路 408--3
電話： 0592—2093427
營業時間： 9：00 —— 24：00
松柏店
生活有兩層，壹層親我，壹層親子，我的社區我的家園我“讀”行。
1996 年 8 月開業，目前是所有連鎖店中成熟社區的代表店 。第壹家開辟“母子生活館”的店，期望建構成象家壹樣的書店。已成為當地社區生活中不可或缺的壹部分。主營生活、財經、藝文及親子圖書。
地址：蓮嶽裏 245—246 號
電話： 0592—5097392
營業時間：9：00 —— 22：00
蓮花店
快變成書的，還有門前那些壹年壹度盛開的樹，還有我，總是壹次次“近道而來”。
1998 年 8 月開業，成熟社區的成熟老書店。主營生活、財經、藝文類圖書。
地址：蓮花新村蓮秀裏 21 號
電話： 0592—5525093
營業時間： 9：00 —— 22：00
湖裏店
工業區裏，生產的夢想何止物質，熱騰騰的背後，冷靜的靈魂相互翻閱。
1999 年 4 月開業，工業社區裏以打工族為服務訴求的充電書店。
地址：湖裏華海苑 5--15 號
電話： 0592—6027905
營業時間： 9 ： 00 —— 22 ： 00
香江店
或許真是名副其實，花香、草香、書香、咖啡香……
1999 年 10 月開業， 2004 年 7 月“整裝新發”，壹改倉儲式社區店的舊貌，增設悅讀咖啡館，成為光合首個擁有戶外咖啡區的社區休閑店。主營生活、財經、藝文、語言類圖書。
地址：嘉禾路 116--1
電話： 0592--5133570
營業時間： 9：00 —— 23：00
中山店
老街裏穿行，壹百年兩百年，不變的時尚逃不開小小的書本。
2001 年 8 月開業，商業老街的店，以時尚年輕壹代及觀光逛街的人流為服務訴求，以時尚流行為主題。期望建構成時尚流行主題書店。主營休閑生活、時尚、藝文、財經類圖書。
地址：中山路 138 號
電話： 0592--2029336
營業時間： 9：00 —— 22：30
禾祥店
新城，新生活，車水馬龍裏，因為悅讀而遠離塵囂。
2001 年 2 月開業，新興社區的店，以白領新貴為服務訴求。是快速成長的社區書店。主營休閑生活、藝文、財經類圖書。
地址：禾祥西路 887 號
電話： 0592--2206426
營業時間： 10 ： 00 —— 23 ： 00
世貿店
人潮流動，如果不是因為悅讀，我駐足於此的時間將是多麽短暫。
2002 年 3 月，位於火車站商圈的大型 SHOPPING MALL 。也是新商業圈的試驗店。 2004 年 7 月增設母子生活館。主營藝文、財經、生活、親子類圖書。
地址：世貿商城 325 單元
電話： 0592--3988702
營業時間： 9 ： 50 —— 21 ： 50
另外光合作用在漳州和北京也有分店