臺灣摩斯漢堡於1990年由臺灣東元集團旗下的安心食品服務公司與日本摩斯漢堡合資創立。
摩斯漢堡雖然在臺灣的速食連鎖店中價位相對偏高，份量也略少，不過仍舊以日式的服務、精致的口感以及健康概念的訴求獲得好評與支持。近幾年來於全臺大規模展店，目前已躍居臺灣第三大連鎖速食店；截至2007年11月，全臺店數已達127店。
因東元集團為臺灣高鐵原始核心股東之壹，臺灣高鐵2007年初正式營運後，摩斯漢堡也全面進駐桃園、新竹、臺中、臺南、嘉義、高雄六個高鐵站（臺北與板橋因為臺鐵舊站體***構，無法設點開店）。在高鐵站開設的摩斯漢堡，紙袋與壹般分店不同：除上面繪有高鐵圖案外，側邊還印有“高鐵限定”字樣。
摩斯漢堡已將部分店面改為24小時營業，為臺灣繼麥當勞之後第二家推出24小時無休之連鎖速食店。
臺北市可以見到摩斯漢堡與日本樂雅樂餐廳（Royal Host）合並的復合式店面，亦為東元集團關系企業。
2008年，臺灣摩斯漢堡也將配合日本摩斯漢堡攜手開拓中國市場，初期設定設點目標為華南或華東地區。 1972年3月 - 東武東上線「成增火車站」實驗店開業。
1972年7月 - モス?フード?サービス（Mos Food Service）成立。
1973年5月 - 「テリヤキバーガー」（蜜汁烤肉堡）開始販賣。
1984年6月 - 「テリヤキチキンバーガー」（蜜汁烤雞堡）開始販賣。
1987年12月 - 「モスライスバーガー」（摩斯米漢堡）開始販賣。
1989年12月 - 美國首店「卡拉卡瓦大道店」（夏威夷）開業。
1990年12月 - 「モスライスバーガーやきにく」（摩斯燒肉珍珠堡）開始販賣。
1991年2月 - 臺灣首店「新生南路店」（臺灣）開業。
1991年7月 - 「スパイシーシリーズ」（辛味系列）開始販賣。
1992年9月 - 「モスチキン」（和風炸雞）開始販賣。
1993年5月 - 新加坡首店「伊勢丹Scotts店」開業。
2004年1月 - 「日本のバーガー匠味レタス」開始販賣。
2005年3月 - 「日本のバーガー匠味十段」開始販賣。定價1000日圓
2006年10月 - 香港首間分店於觀塘apm開業。
2007年1月 - 香港第二分店於旺角朗豪坊開業。
2007年3月 - 香港第三分店於港島東康怡花園開業; 泰國首店於曼谷CentralWorld 購物中心開幕。
2007年6月 - 香港第四分店於九龍灣MegaBox開業。
2007年11月 - 香港第五分店於沙田新城市廣場西田百貨美食廣場開業。
2008年2月 - 香港第六分店於荃灣荃新天地開業。 首間摩斯漢堡於2006年在觀塘apm開店，並大受歡迎，其後並開設多間分店，至2010年8月***開設15間分店
泉州豐澤街口壹家 鐘樓西街口壹家 九壹街鬼屋於2012年三月底開業