小肥羊自1999年的8月創立後，“不蘸小料涮羊肉”的特色食法得到了消費者的廣泛青睞，並迅速開始了連鎖經營之路。從2000年開始，由於小肥羊這壹特色美食為越來越多的人群所認可，很多商家由此捕捉到商機 紛紛開始加盟小肥羊，並出現了壹股加盟熱潮。
由於前期加盟者眾多，加之為了迅速占領全國市場，在自己的實力還未達到的情況下，小肥羊公司把加盟政策定為“以加盟為主，重點直營”，在全國各地設立了省、市、縣級總代理及單獨加盟店。這壹政策的出臺，為小肥羊公司早期的快速發展起到了積極作用，不僅滿足了市場、加盟者、消費者三方面的需求，也創造了良好的品牌效益，使小肥羊足跡在短短的兩三年時間裏遍布全國各地，壹舉打響了知名度。
“以加盟為主，重點直營”的經營政策為公司起步之初的快速發展帶來了好處，同時也產生了許多弊端。重點體現在加盟者素質、服務以及管理質量參差不齊，從而損害了消費者的利益。而且由於這時期“小肥羊”還不是註冊商標，缺少有力打假維權的武器，致使假冒者橫行，也嚴重的傷害了小肥羊品牌的美譽度，使公司進壹步的發展受到制約。 基於上述情況，從2002年底開始，公司采取了壹系列措施以扭轉加盟市場的混亂局面。核心是調整加盟政策，由原來的“以加盟為主，重點直營”變為“以直營為主，規範加盟”。具體措施是：
首先，成立加盟中心，負責與加盟商的接洽、管理以及服務。加盟中心成立以後幾乎走遍了全國，對散落在各地的六百多家加盟店進行了全面深入的調查，為下壹步取締和整頓加盟店面提供了依據。其次，2003年初在加盟中心調查的基礎上，董事會做出暫停加盟業務的決定，此後很長壹段時間內公司幾乎沒有新增加盟店。與此同時公司分階段、有重點的對加盟市場進行了壹系列的規範和整頓。從2003年至2007年幾年間，公司對加盟市場進行了大規模的治理整頓，其重點主要體現在以下幾個字上：第壹個字是“關”。就是堅決取締在清查中發現的不合格店面，以維護小肥羊品牌形象不受傷害；第二個字是“延”。就是對雖然經營情況較差，但是能積極配合公司進行整改的店面予以保留，限期整改；第三個字是“收”。壹方面，對在查中發現的壹批經營有序，盈利能力強的店面進行收購，納入公司直營店的規範管理體系中。另壹方面，逐步收回各級到期總代理的代理權，並且不再續簽合約；第四個字是“合”。就是與好的加盟商、代理商以參股、控股等方式合作。這壹階段典型案例是與原甘肅總代理合作，將其收編為總部下屬的分公司，***同開發西部市場。
經過幾年來不間斷的清理、調整和規範，現在小肥羊公司的連鎖店數量已由最高峰時期721家減少到360家。其中，取締了到期總代理以後隨之關閉的不合格店面有218家（河南72家、山東38家、甘肅24家、陜西39家、青海2家，東北三省43家）；因不能維護公司形象、信譽而被取締的加盟店36家；因違規經營而被取締的店面有19家；因超期經營被取締的店面有40家；因重大投訴而被取締的店面有21家；經營不善自行關閉店面有53家；因不可抗力而關閉店面8家。 2003年——2007年4月，小肥羊加盟市場經過堅持不懈地清理和規範，已經得到了有效的凈化。因此從2007年5月起，為了滿足市場需求和加盟者要求加盟的呼聲，小肥羊公司重新有規劃的開設高質量加盟店面，進入“不惟數量重質量”的發展階段——國內市場：壹、二線城市以直營為主，二、三線城市以加盟為主，形成相互補充、相互促進的格局，且不再設任何形式的總代理；國際市場：鑒於國際加盟呼聲比較高，因此針對國際市場實際情況，會在開設直營店並取得充足經驗的基礎上，適度開設加盟店。其形式靈活掌握，既可以設置必要的總代理，也可以設置個體加盟店，以全面打開國際市場。
新的加盟政策提高了對加盟者的要求，也提高了對加盟者的服務。最終目的是提高加盟店面經營的標準化使之高水平運營，以達到消費者、加盟者、公司的三方***贏。
截至到2011年12月，公司擁有469家連鎖店，其中包括163間自營餐廳及272間特許經營餐廳，並在美國、加拿大、日本、港澳等地擁有20多間餐廳。是家喻戶曉的中國餐飲連鎖品牌。
小肥羊的垂直整合業務模式極具拓展性，業務包括羊肉加工、火鍋湯料生產，餐廳經營以及食品分銷批發。
從“中餐百強企業”、“中國企業500強”再到新加坡特許經營與授權組織（FLA）授予的“年度國際特許經營大獎”、“25大典範品牌”……小肥羊用十年的耕耘，取得了令人欣慰的成就，也為中餐標準化、品牌化、國際化探索樹立了典型。