食品加工中可能的汙染包括:
熱解產物
食品加工的溫度過高時，會產生壹些對人體有害的物質。例如，當蛋白質和油的加熱溫度過高時，其中的成分會通過化學作用變質，變質產生的物質可能有毒或致癌，食用後對人體有害。
苯並芘汙染
這種化學物質主要由各種有機物質（如煤、柴油、汽油、原油和香煙）的不完全燃燒產生。燃料不完全燃燒產生的苯並（a）芘在食品生產過程中會直接接觸食品，造成汙染。據報道，煙塵和空氣中的B（a）P落入土壤和水中，植物可以從中吸收B（a）P形成食物的二次汙染物。此外，食品在加工和儲存過程中有時會被含有B（a）P的物質汙染。如果牛奶儲存在塗有石蠟的容器中，石蠟中的所有B（a）P都可以轉移到牛奶中。
防止B（a）P汙染的主要措施是在食品加工過程中油溫不超過170℃，可用電爐和間接加熱熏制食品，使食品不與炭火直接接觸。
亞硝胺汙染
N-亞硝基化合物種類繁多，不同種類的N-亞硝基化合物毒性差異很大，其急性毒性主要引起肝臟損害。慢性毒性主要是致癌。
腌制蔬菜時使用的粗鹽含有硝酸鹽，可被細菌還原為亞硝酸鹽。同時，蛋白質可以分解成各種胺，合成亞硝胺。當食品添加劑亞硝酸鹽或硝酸鹽作為顯色劑直接添加到魚肉中時，在適當的條件下也可形成亞硝胺。防止亞硝胺汙染食品的主要措施是改進食品加工方法。如果木材是在沒有燃料的情況下熏制的，那麽在加工腌制肉類或魚類食品時最好不要使用或少用硝酸鹽。
我國規定香腸、火腿、培根、臘肉等肉制品（GB9677-88）和啤酒（GB2758-81）中的N-亞硝胺不得超過3μg/kg。
鉛和砷等有害物質的汙染。
在加工金屬機械和容器時，會導致金屬毒物的遷移，使用不符合衛生要求的包裝材料也會導致有害物質的溶出和遷移。此外，食品添加劑的使用和化學清洗劑的不合理使用也會造成鉛、砷等有害金屬對食品的汙染。
微生物和病毒等生物汙染。
無論生熟、容器不潔、員工手不潔、空氣中有灰塵、設備未消毒或消毒不徹底、包裝材料未消毒或消毒不徹底等。都會在食品加工中造成微生物、病毒等生物汙染。