在城市建設中，對古跡的破壞是不可避免的。清江浦的“九樓十八入口”早已被歷史遺忘。1996~1997承德路壹期工程，石碼頭歷史文化街區拆除。大閘口的歷史風貌被破壞。1998承德路二期工程，花街被拆，只剩1/4遺存。牛星街前段被拆了，只剩下牛星街的後半段。填埋躍龍池。隨著東大街的擴建，安瀾門的地基被徹底拆除。淮海南路擴建，鬥天廟前街拆除。新建花城小區，拆除青浦區謝鐵力、謝炳炎故居、李壹氓故居、官園廣場，損壞壹棵古枸杞樹。2001，清華社區二期工程拆除陳故居。潘辰二宮廟拆遷。2002年，錦江花園建成，王淑湘故居被拆除，損壞了壹棵古老的瓜子黃楊木。新建的荷花池社區、荷花池歷史文化街區、清江浦最早的澡堂“荷花池”、明清商業街洪門街等被拆除。東西街的大部分房屋都被拆除了。新建淮陽名吃街，拆除玉壺春酒店。新建花城社區，拆除新半齋。十裏東西長街、草市口、馮集倉都在城市建設中遭到破壞。2003年，林默予故居被拆除。2004年，王瑤卿故居被拆除，在另壹個地方重建。左大廈被拆除。建設新世界文廟，觀音寺被拆除。2007年，十裏東昌街(剩余路段)、月河街、同慶街拆遷。2008年，三番故居、龍符廟被拆除；月河街和同慶街(剩余路段)。2009年，青龍寺大部分建築被拆除；拆除最後壹條牛星街。至此，清江浦的物質遺產消耗殆盡。
2000年以來，淮安市政府著力打造“中國運河之都”，大力發展運河旅遊，意識到保護文物古跡的重要性。壹些在城市建設中被拆除的古跡正在逐步重建和恢復。中洲島、文廟新天地、明清商業街等仿古街區相繼建成，運河博物館社區開放，大運河文化廣場成為淮安地標之壹。
未來幾年，淮安將繼續挖掘清江浦文化內涵，整治周邊環境，既體現清江浦特色，又符合現代生活，打造運河旅遊品牌，樹立淮安城市形象。清江浦將展現在世人面前，既有文化內涵，又有現代氣息。2010起，淮安市清浦區每年從春節到元宵節都會舉辦大型的“中國淮安清江浦廟會”。廟會在清江青浦文廟新天地舉行。
首屆清江浦廟會為期七天，舉辦的活動包括民俗表演、鑒寶、書畫攝影展、小吃品嘗等。從第二屆開始，持續時間延長至19天，附加活動有燈會、相親會、民俗巡遊、兒童劇嘉年華等。在第三屆中，增加了更多的互動和現代活動，如冬泳邀請賽表演賽和才藝表演。
清江浦廟會自創辦以來影響顯著，展現了淮安人的精神風貌，也在壹定程度上保護和弘揚了清江浦文化。京杭大運河沿線8省35市聯合申報京杭大運河沿線遺產地為世界文化遺產。2012年9月26日，35個城市代表在揚州簽署《大運河遺產聯合保護協議》。
清江浦，作為京杭運河造就的壹個輝煌小鎮，也保留了很多遺產地。位於清江浦的清江門、清口樞紐、吳公祠、嚴清公園、馮集倉遺址和清江浦樓6處遺址，全部被列入大運河申報的第壹批65處遺產。
2014年6月22日，中國大運河正式列入世界文化遺產名錄。其中，清江浦地區正式列入世界文化遺產名錄的遺產有兩處:清江門和清口樞紐；有壹段河流被列入名錄:淮陽運河淮安段。