1996年，執導個人首部電視劇《希望選擇》，該劇入圍臺灣電視金鐘獎最佳單元劇獎。1998年，執導電視劇《假期》，該劇入圍臺灣電視金鐘獎最佳單元劇獎，他憑借該劇入圍臺灣電視金鐘獎最佳導演獎;同年，執導電視劇《聽彩虹的聲音》，該劇入圍臺灣電視金鐘獎最佳單元劇獎。1999年，執導電視劇《鴿》，他憑借該劇入圍臺灣電視金鐘獎最佳導演獎。
2000年，執導電視電影《少年午夢》，該片入圍臺灣電視金鐘獎最佳單元劇獎，他憑借該片入圍臺灣電視金鐘獎最佳導演獎。2001年，由其執導的劇情電影《記住、忘了》上映。2002年，執導由蘇慧倫、陳柏蓁、柯淑勤聯袂主演的劇情電影《童女之舞》。
2003年，執導以20世紀70年代為背景的愛情劇《孽子》 ，該劇獲得第38屆臺灣電視金鐘獎最佳連續劇獎 ，他憑借該劇獲得第38屆臺灣電視金鐘獎最佳導演獎 。2004年，執導由阮經天、牛奶、鄭元暢聯合主演的愛情劇《米迦勒之舞》，他憑借該劇入圍臺灣電視金鐘獎最佳編劇獎。
2005年，執導由袁詠儀、庹宗華等聯合主演的劇情電影《孤戀花》，該片描述了主人翁林三郎和圍繞在他身旁的交際花雲芳、歌女五寶和酒家女娟娟之間的情欲糾葛 ，入圍臺灣電視金鐘獎最佳連續劇獎，他憑借該片入圍臺灣電視金鐘獎最佳導演獎、最佳編劇獎。
2006年，執導音樂短片《純純的愛》 ，他憑借該片入圍第18屆金曲獎最佳音樂錄像帶導演獎 ;同年，執導音樂電影《秋纏》 。2010年6月4日，由其執導的家庭劇《倪亞達》在臺視首播，該劇改編自袁哲生的同名小說，講述了國小四年級生倪亞達壹家人的詼諧幽默故事 。2012年，執導愛情喜劇電影《飲食男女2012》，該片由霍思燕、藍正龍合作主演 ，該片是第62屆柏林國際電影節"美食電影"單元的閉幕片 。
2015年，執導由楊謹華、天心、連俞涵聯合主演的愛情劇《壹把青》 ，該劇獲得第51屆臺灣電視金鐘獎戲劇節目獎 ，他憑借該劇獲得第51屆臺灣電視金鐘獎戲劇節目導演獎 、第21屆亞洲電視大獎最佳導演獎 。2018年，執導電影《傀儡花》，該片改編自陳耀昌的同名小說，以1867年在恒春半島發生的"羅妹號事件"為主題，展現了臺灣原住民、閩南人、客家人和西方國家的族群間沖突、協調與發展 。
主要作品 導演作品 時間 名稱 類型 2018年 《傀儡花》 電影 2015年 《壹把青》 電視劇 2012年 《飲食男女2012》 電影 2010年 《倪亞達》 電視劇 2006年 《秋纏》 音樂電影 2006年 《純純的愛》 音樂短片 2005年 《孤戀花》 電影 2004年 《米迦勒之舞》 電視劇 2003年 《孽子》 電視劇 2002年 《童女之舞》 電影 2001年 《記住、忘了》 電影 2000年 《少年午夢》 電視電影 2000年 《鴿》 電視劇 1999年 《假期》 電視劇 1998年 《聽彩虹的聲音》 電視劇 1997年 《臺北探戈》 電視劇 1996年 《尋找蓮花》 電視劇 1996年 《希望選擇》 電視劇 監制作品 時間 名稱 類型 2005年 《孤戀花》 電影 人物評價曹瑞原執導的作品，既有紀錄片的質樸寫實，又帶著強烈的戲劇性張力，大多都是反映社會底層勞動人民所流露真實的情感。他擅長對情緒氣氛的掌握，將精準的時代氣息完美融入演員所需要表達的情感之中，達到與觀眾有最強的親和力 (網易娛樂評)。
曹瑞原在堅守電視劇創作通俗化處理的同時，嘗試把電影中視聽語言個性化套用於自己的劇集制作中。在電視劇《孽子》中，他通過精心的聲音藝術設計，與影像並同傳達出在20世紀 70年代充滿壓抑的臺灣，為人的自我如何掙紮於個人、家庭及社會群體價值羈絆中的矛盾沖突與痛苦 (《視聽》評)。