學校與國家審計署同時誕生，與中國審計事業同步發展，為審而立、依審而興、靠審而強。辦學管理體制調整為省署***建後，審計署依然壹如既往地支持南京審計學院事業發展。全國政協副主席、前審計長李金華擔任我校名譽院長。學校依托行業優勢和區位優勢，努力將豐富的行業資源和優質的區域資源轉化為學校的辦學資源，進而轉化為學校獨特的辦學優勢，取得了跨越式發展。
學校秉承“誠信求是，篤學致公”的校訓精神，以“特色、質量、國際化”為辦學理念，堅持“教學立校、科研興校、人才強校、特色優校”的辦學方略，樹立“大審計”教育觀，建成了以審計為品牌，經、管、法、文、理、工等學科相互支撐、協同發展的財經類院校。
學校現有浦口和莫愁兩個校區，占地2200余畝。新校區校園山水相間，樹石相融，遍植松竹梅菊。樓宇采取新古典主義建築風格，行走其間，移步換景，見湖光瀲灩，聞書聲朗朗，呈天人合壹之境。
學校設有11個二級學院、2個教學部，以及1個二級民辦學院、1個繼續教育學院，擁有24個本科專業。其中，審計學、金融學為教育部特色專業建設點，審計學為江蘇省品牌專業，金融學為江蘇省高校品牌專業建設點，財政學、信息管理與信息系統、國際經濟與貿易為江蘇省高校特色專業建設點。2007年以“優秀”等級通過教育部本科教學工作水平評估。現有在校生近18000人。
學校師資隊伍結構合理，素質優良，充滿活力。審計署歷任審計長、副審計長以及壹批業務骨幹擔任我校名譽教授，美國、法國等十多個國家審計長擔任我校榮譽教授，每年來校講學。
2003年，經教育部批準，與南京大學聯合培養會計（審計）學、國民經濟學碩士研究生。學校擁有會計（審計）學、金融學、國民經濟學、政治經濟學、企業管理、行政管理和法學理論7個江蘇省重點建設學科；審計學學科梯隊、金融學學科梯隊為江蘇省優秀學科梯隊，現代審計理論與方法研究、區域金融創新研究為江蘇省高校“青藍工程”科技創新團隊，審計學教學團隊為國家級優秀教學團隊；“審計高等教育理論探索與實踐創新”獲江蘇省高等教育教學成果特等獎和國家級優秀教學成果二等獎。設有江蘇省審計信息工程重點建設實驗室、中國內部審計協會內部審計發展研究中心等七個獨立科研機構；審計模擬實驗室、金融實驗教學中心為江蘇省高校基礎課實驗教學示範中心；出版發行中文經濟類核心期刊《審計與經濟研究》和《南京審計學院學報》。
學校堅持國際化開放式辦學，與美國、英國、法國等十幾個國家和地區的審計監察機構、高等學校和行業組織建立了廣泛的學術交流，創辦了“中澳班”、“中英班”等多種中外合作辦學模式。與國際著名會計師組織――英國特許公認會計師公會（ACCA）合作，開展國際註冊會計師執業資格培訓，2002年被ACCA總部授權為“全球推薦級培訓機構。”2007年，我校被IIA（國際內部審計師協會）認定為中國唯壹的IAEP（內部審計教育夥伴）“合作級”院校，成為IIA在全球認定的39所高校之壹。借助IAEP項目平臺，與全球知名高校開展互聘師資、互認學分、交換學生和科研合作。
二十多年來，學校始終遵循高等教育規律，把握人才成長的時代特征，創新人才培養模式，推動了人才培養質量的持續提高，為全國審計、金融系統、政府其他經濟監督部門，以及世界四大會計事務所和企事業單位培養與輸送了大批實踐創新能力強的高素質人才。