1、第26集 合體進化，現在、兩心合壹
被小賢消滅的數碼寶貝原來是由神秘女人利用黑暗之塔所變成的。小賢就以前作為暴龍改造者時的行為重新向孩子們道歉，但拒絕了大輔的邀請成為同伴而獨自離去。他希望壹力承擔自己的罪孽……孩子們繼續重建數碼世界的工作，但對於逐漸明朗化的事實就不能整理好心情。
但是那些追擊他們的數碼暴龍…新的危機正向數碼世界迫近。原來暴龍改造者的基地中的黑暗力量將會發生大爆炸!為了阻止爆炸，需要知道善良徽章，大輔發E-Mail叫小賢來，但是卻沒有回音。
2、第31集 愛的風暴，人面戰鷹獸
黑暗戰鬥暴龍獸在尋找對手戰鬥，亞基利獸則追蹤它。大輔他們來到數碼寶貝世界，迪路獸發現那裏是她丟失神聖環的地方，於是大家便去尋找。小賢突然看到黑暗之海，於是大叫。小光和小京發現了他，三人突然進入奇怪的地方。
大輔與V仔獸居然能穿過他們的身體，原來他們所處世界的次元不同。小京他們來到山崖，發現類似神聖環的東西發光，小京與小光為了撿它掉了下去。麻鷹獸不能進化，使小京以為再也上不去而發脾氣。
3、第36集 鋼鐵天使，古神獸
黑戰鬥暴龍獸仍在尋找最後壹塊聖石，而亞基利獸和大輔他們先後來到中華街的美食店。由於飛蟲獸還沒到，而亞古拉獸和迪路獸體力又不足，所以不能進行合體進化。幸好老板蛋蛋獸逃走，亞基利獸它們想知道湯料是什麽而離開了。
伊織下定決心改變自己而叫大家吃拉面補充體力。木乃伊獸發現了湯料所在的池子，在喝了以後突然聖石從池子裏出來了。黑暗戰鬥暴龍獸和大輔他們也同時發現。在前兩對組合合體進化以後，天使獸和戰甲獸也成功合體進化成古神獸，三只完全體數碼暴龍壹起對抗黑暗戰鬥暴龍獸。
4、第39集 全體出動，帝皇龍甲獸
數碼寶貝再次出現在現實世界，而且在日本各地都有!大輔聽到小賢住的地方有數碼寶貝出現，便決定單獨去接小賢。三角龍獸出現在那裏，大輔趕到後破壞黑暗之塔並讓機甲龍獸去與三角龍獸戰鬥。然而三角龍獸非常強大，機甲龍獸被打得毫無還手之力。
這時，年輕的玄內出現在眾孩子面前，並拿出青龍獸身上的壹顆數碼珠，放出神聖力量，大家都可以進化成完全體，並且機甲龍獸還進化成帝皇龍甲獸，終於將三角龍獸打敗送回數碼世界。接著，帝皇龍甲獸又到了日本各地，在半小時內將日本的所有數碼寶貝都送回數碼世界
5、第45集
黑暗之門
戰士形態的帝皇龍甲獸、希爾芙獸與古神獸與究極魔獸對決，但是根本傷不了它，而且它的殺傷力巨大。大輔他們商量將究極魔獸送回數碼世界，但是究極魔獸居然自己能打開數碼世界大門。正當大家絕望時，小賢告訴大家他的暴龍機可以打開黑暗海世界的大門。
打開大門的時候，小賢被黑暗力量攻擊，十分痛苦。大家壹起握住他的手，支持他。再加上三只數碼寶貝的合力攻擊，終於將究極魔獸送到黑暗海世界裏，危機又壹次過去了。可是黑暗種子已經移植到孩子身體裏了。