甲魚無公害養殖是甲魚產品安全衛生的保障，甲魚作為我國年代久遠的傳統美食補品，產品質量必須達到國家規定的無公害農產品要求。而所謂無公害農產品，是指產地環境、生產過程、產品質量都應符合國家有關標準和規定的要求，經認證合格獲得證書並允許使用無公害農產品標誌的未經加工或初加工的食用農產品。所以，甲魚無公害養殖要做到以下幾條：
（1）養殖區域與池塘周邊環境的要求養殖區域內及池塘周邊，應無或不直接受工業“三廢”及農業、城鎮生活、醫療廢棄物汙染驚擾。最好是在空氣清新，環境優美，光照充足，離城鎮較遠，生態環境良好的鄉間。（2）養殖池塘底質要求除水泥池外，室外養殖的池塘底質應符合國家無公害食品水產品養殖池塘底質的要求規定，其主要規定指標：壹是無工業廢棄物和無生活垃圾，無大型植物碎屑和動物屍體；二是無異色、異臭，自然結構；三是底質有害有毒物質最高限量（表15）。
表15 養殖池塘底質有害有毒物質最高限量序 號 項 目 指標毫克/千克（濕重）1 總汞 ≤0.22 鎘 ≤0.53 銅 ≤304 鋅 ≤1505 鉛 ≤506 鉻 ≤507 砷 ≤208 滴滴涕 ≤0.029 六六六 ≤0.5（3）養殖用水標準按NY5051的規定（表16）。
表16 淡水養殖用水水質要求單位：毫克/升序 號 項 目 標準值1 色、臭、味 不得使養殖水體帶有異色、異臭、異味2 總大腸桿菌 ≤5 000個/升3 汞 ≤0.000 54 鎘 ≤0.0055 鉛 ≤0.056 鉻 ≤0.17 銅 ≤0.018 鋅 ≤0.19 砷 ≤0.0510 氰化物 ≤0.00511 石油類 ≤0.0512 揮發性酚 ≤0.00513 甲基對硫磷 ≤0.000 514 馬拉硫磷 ≤0.00515 樂果 ≤0.116 六六六（丙體） ≤0.00217 滴滴涕 ≤0.001（4）無公害甲魚產品生產規程無公害甲魚產品生產，包括苗種繁育、成品養殖和產品加工等。其中，成品養殖有工廠化養殖、室外水泥池精養，室外池塘混養等模式。不管什麽模式，在生產過程中應在NY 5067的基礎上，各地區根據自己的具體條件制訂更加完善的操作規程，並嚴格按標準規定的規程執行。（5）無公害甲魚養殖的禁用藥物由於甲魚是較高檔的美食補品，所以，在甲魚養殖生產過程中的病害防治用藥更應嚴格和慎重。其中，下列藥物為禁用藥物：地蟲硫磷、六六六、林丹、毒殺芬、滴滴涕、甘汞、硝酸亞汞、醋酸汞、呋喃丹、殺蟲脒、氟氯氰菊酯、雙甲脒、氟氰戊菊酯、五氯酚鈉、孔雀石綠、錐蟲胂胺、酒石酸銻鉀、磺胺噻唑、磺胺脒、呋喃西林、呋喃唑酮、呋喃那斯、氯黴素、紅黴素、桿菌肽鋅、泰樂菌素、環丙沙星、阿伏帕星、喹乙醇、速達肥、乙烯雌酚、甲基睪丸酮。
為了確保甲魚產品安全衛生，提倡用生物制品和中草藥調節水生環境和疾病防治，並在用藥過程中嚴格按NY 5073的使用準則。