1684年4月,臺灣正式納入清朝版圖,設立大清帝國福建省臺灣府。在17世紀初期清朝政府起初對於臺灣的統治采消極政策,治臺政策盡量以較低的成本來經營建設,並鼓勵人民開墾,先是將十幾萬在荷鄭時期就已居住在臺灣的漢人強制遣返大清帝國內地原籍,再對內地人移民臺灣嚴格限制,禁止攜帶家眷,但中國沿海省分仍有不少人民冒險偷渡來臺,在臺灣西半部各地落腳定居,後來慢慢開始有向臺灣東部開墾的行列,但為數不多。由於初期清廷派來的官吏素質粗劣、官民間語言的隔閡、以及清廷對臺灣住民的高壓政策等,造成武裝起義或騷擾事件不斷發生,1721年的朱壹貴事件、1786年的林爽文事件、以及1862年的戴潮春事件,被稱為清朝統治下臺灣的三大“叛亂案”。
到了18世紀乾隆後期開始出現大量開墾移民,而此臺灣移民又以漳州人與泉州人居多。由於先來後到的土地分配沖突而相繼發生泉漳械鬥武裝沖突爭執。清治官衙控制力薄弱,無法禁絕遏止,地方官甚至藉漠視兩方爭鬥與分化,造成兩敗俱傷以削減可能的叛亂力量。這種族群間的對立,造成經濟與文化交流的更加困難。經19世紀末期兩族群許多地方仕紳努力,才逐漸有所改善。不過到如今,族群分立觀念仍多少還是受其影響。