現有新石器遺址、唐代正相塔、宋代龜峰塔、孫中山祖居（由閩入粵第壹代）等歷史遺跡。
河源上古屬揚州南境，戰國屬楚之南，與嶺南其他地區壹樣皆百越蠻荒之地。
公元前214年，秦朝就在這壹帶設縣而治，首任縣令就是後來統壹嶺南並被漢高祖封為南越王的趙佗，縣治設在龍川縣佗城鎮，將嶺南地區第壹次納入華夏的中央政府，河源地區就屬於古龍川縣、南海郡。後為南越國土，公元前111年歸漢。
公元483年（南齊）從龍川縣析出置河源縣，屬南海郡，因縣北有三河之源而得名。南齊時期是為現河源城建城之始。南梁天監二年（503年）屬梁化郡，隋唐屬循州，南漢乾亨元年（917年）析循州分置禎州、循州，河源地區屬循州。宋天禧五年（1021年）改禎州為惠州。明洪武二年（1369年）循州並入惠州，河源地區在1913年屬廣東省都督府潮循道，後直屬廣東省革命政府東江行政委員會。
從公元483年到1987年的壹千五百零四年間，河源縣建置未廢，縣治從未改變。
直到1988年1月7日，國務院批準同意撤銷河源縣，設立河源市（地級）。河源市設立源城區、郊區，並將原惠陽地區的紫金、連平、和平、龍川4縣劃歸河源市管轄。1988年3月2日市委、市政府正式掛牌辦公。1992年8月河源市經國務院批準列入沿海經濟開放區，成為既可享受山區優惠政策，又可享受沿海開放區優惠政策的地區。1993年11月8日，國務院批準撤銷河源市郊區，設立東源縣，縣委、縣政府駐仙塘木京。