三墩鎮位於西湖區西北部，東鄰拱墅區祥符街道、和諧街道，南接文新街道、江村街道，西南接余杭區五常街道、臧倩鎮，西北、北、東北三面與余杭區良渚街道毗鄰。鎮人民政府距西湖區11.9公裏，總面積37.58平方公裏。