1. 位置：福州汽車南站位於福州市南部，靠近福州火車南站和福州市中心；而福州汽車北站位於福州市北部，靠近福州火車北站和福州市郊區。
2. 車次和目的地：由於位置的差異，福州汽車南站和汽車北站的車次和目的地也有所不同。壹般來說，福州汽車南站的客運班車更多地服務於福州市內及周邊地區，而福州汽車北站則提供更多前往福建省其他城市和鄉村的長途客運班車。
3. 設施和規模：福州汽車南站和汽車北站在設施和規模上也有壹定的區別。福州汽車南站作為壹個地鐵站和火車站附近的交通樞紐，它的規模相對較大，設有更多候車室、售票窗口和其他服務設施。而福州汽車北站規模較小，設施相對簡單。
需要註意的是，以上是壹般情況下的區別，具體的車次和目的地可能會有變化。若有具體需求，建議查詢相關交通信息或致電客運站咨詢。