1.筆芯：丙烯馬克筆的筆芯由聚丙烯制成，因此不會沾水，很容易書寫，保存時間長，且劃出的字跡持久，而普通馬克筆的筆芯是由墨水等混合物制成，會沾水，保存時間不長，劃出的字自然較之丙烯馬克筆的字較之淡。因此，丙烯馬克筆比普通馬克筆防水性能要好。2.使用：兩者的使用方式不同，丙烯馬克筆往往比普通馬克筆更容易握，可以更容易的書寫，而普通馬克筆則更適合直接操作，可以繪制出清晰的、明顯的字畫，並且普通馬克筆可以用來寫出比丙烯馬克筆更黑的文字。3.適用範圍：丙烯馬克筆適用於精雕細刻和更精細的正規文字書寫，而普通馬克筆則更適合繪畫表現力極強的素描和繪圖與草書，因而具有更大的應用範圍。