換句話說，有什麽樣的細菌，很大程度上取決於運氣和環境。除了占優勢的酵母外，還有其他雜菌，如乳酸菌。有了乳酸菌，面團發酵時會產生明顯的酸味。
如果酸味太重嘗不出來，需要用堿(小蘇打)中和。如果適度加堿，中和不會影響營養價值，甚至因為在這個酸堿反應過程中會產生二氧化碳，可以使面團更加蓬松。
但如果沒有掌握好分寸，加堿過多，面條會變黃，同時會產生有點澀的“堿味”，也會造成面團中維生素B1的流失。
此外，自然發酵過程中可能存在多種細菌，並不是所有的細菌都能產生好的風味，有些還可能影響面食的口感。如果菌種組合不理想，饅頭吃起來就不理想。
反過來，如果自然發酵的菌種組合恰好比較理想，那就相當珍貴了，因為混合菌種產生的濃郁香氣是純酵母無法企及的。所以，以前誰家的饅頭味道特別好，鄰居們就會去那裏借菌種——所謂的“老面”“面起子”“面起子”。只要拿到壹小塊老面團，用它做面團，再留下壹小塊做種子，就能做到“菌種長存，壹團長存。”
酵母饅頭是純酵母發酵的，菌種比較純。如果用純酵母發酵，就不會有乳酸菌，當然也不會有產酸的問題，也不需要用堿中和。從這個角度來說，用酵母做饅頭確實省心很多。
乳酸菌和酵母都是對人體健康有益的微生物:酵母分泌植酸酶，分解面粉中的植酸，使面粉中鈣、鎂、鐵、鋅等礦物質的利用率明顯提高；乳酸菌產生乳酸，乳酸還能使各種礦物質形成可溶性乳酸鹽，提高其利用率。
這兩種微生物還能產生額外的B族維生素，增加氨基酸含量，提高發酵食品的營養價值。酵母菌、乳酸菌和不受歡迎的雜菌都會被高溫殺死，對安全性影響不大。