中草藥粉、米粉、水、酒、藥→配料→壓實切塊→陳曲接種碾壓→放入牌匾中保溫保濕培養，更換牌匾，烘幹牌匾。
中草藥的配方各地不同，從10到幾十種不等。下面介紹福建寧德地區用傳統方法制作的福建藥曲:
福建藥曲由當歸、升麻、山奈、花椒、甘松、肉桂、杜仲、黃芪、枝杈、薄荷、高良姜、陳皮、小茴香、荊芥、甘竹、甘草、益智仁、巴戟天等36種中藥組成。
材料:將36味中草藥磨成粉，將早秈米磨成粉，加入白觀音土、泉水和慕辰曲。
將藥粉、谷粉、觀音泥和水混合在壹個大木桶中，攪拌均勻。
揉捏、壓實和成型，並切成小塊(或使用木制模具)
拌入陳年酒曲粉並滾動，使陳年酒曲粉均勻附著在酒曲上，過篩去粉。粉末會放在竹匾上備用，放在封閉的曲室裏，多層保溫保濕培養3天。當酒曲表面布滿白色菌絲時，逐漸開窗通風。經過2天的培養，菌絲通過酒曲逐漸生長後，就可以出酒曲了。
曬制，壹次曬制，保存，由於曲力較強，新制曲太倉促了，休息半個月後才能釀造，1年後效果更好。
& lt& lt北山九經> & gt；中間記錄了壹種人工接種的方式，就是做蛋糕，把老歌壹首壹首的包紮起來。也就是說，當新制曲滾在陳曲粉上時，陳曲粉會粘在新曲的表面，陳曲粉中有大量的根黴孢子，能在曲上迅速繁殖，形成生長優勢。因為質量較好的陳曲可以人為選擇為曲，可以擇優淘汰劣曲。經過多年的人工繁殖和自然淘汰，保存了優質的酒曲(實際上是微生物菌種)。而自然接種制曲中微生物的來源主要是水、原料本身，或者制曲場所和器具。性能優良的菌株不可能代代相傳，葡萄酒的品質也不可能恒久不變。
明清時期，小曲中加入了種類繁多的中草藥，成為這壹時期的特色。明朝天工開物說:說到各種君臣草藥，少者嘗之，眾者嘗之，則各土有各法，不可背也。這種傳統做法壹直延續到現代。在1964四川邛崍的周恒剛先生收藏的《藥曲處方》中，有壹個例子。處方中有72種藥物，共計50多公斤，可配原料1460公斤(糖化曲，1964，中國財經出版社)。然而，也有壹些小曲很少或沒有藥物。比如明代東陽酒曲裏只加了辣蓼。寧波白藥也是。因此，自明代以來，小曲向藥曲和沒藥曲兩個方向發展。