(1)根通常為不定根，形成須根。
(2)莖多為根莖，匍匐或側著行走。少數種類有地上莖，直立如樹，如桫欏。莖上通常覆蓋著鱗片或毛發。鱗片為膜狀，形狀多樣，鱗片上常有或粗或細的篩孔。毛羽包括單細胞毛、腺毛、結節毛和星狀毛。
(3)蕨類植物的葉片多由根莖長出，叢生，或近或遠，幼時多呈拳頭狀，這是原始性狀。根據葉的來源和形態特征，可分為小葉和大葉。小葉子沒有葉隙和葉柄，只有1不分枝的葉脈，如石松科、卷柏科、木賊科等植物的葉子。有葉柄的大葉、有無葉隙、多分枝葉脈是葉的進化類型。如真蕨類植物的葉子。大葉有兩種:單葉和復葉。
羊齒類
蕨類植物的葉子按功能可分為孢子葉和營養葉。孢子葉是指能產生孢子囊和孢子的葉子，也叫可育葉；營養葉只能進行光合作用，不能產生孢子囊和孢子，也叫不育葉。有些蕨類植物，其孢子葉與營養葉難以區分，既能進行光合作用產生有機質，又能產生孢子囊和孢子，其葉片形狀相同，稱為同形葉，如常見的綿馬貫眾、鱗毛蕨、石韋等。此外，同壹株植物上還有兩種形狀和功能不同的葉子。即營養葉和孢子葉稱為異形葉，如莢蒾、櫟、紫萁等。