可可脂中的蛋白質含量比較少，而代可可脂中的蛋白質含量很高，不能被人體充分消化，會引起消化不良和各種腸胃不適。可可脂替代品本身含有反式脂肪酸，對心血管系統有不良影響。可可脂替代品膽固醇、卡路裏和糖含量高，會增加患心臟病的風險。可可脂中的蛋氨酸也會使動脈硬化。
代可可脂會促進碘的排泄，所以如果吃太多代可可脂的食物，人容易缺碘。因為可可脂替代品的蛋白質含量太高，而且蛋白質在人體內最終會轉化為含氮廢物，通過腎臟排出體外。蛋白質攝入過多，腎臟負擔加重，長此以往，會造成腎功能下降。
代可可脂是壹種反式脂肪酸，不僅對身體有害，對心血管疾病也有危害。由於價格低廉，可可脂替代品被廣泛應用於食品中。
可可脂和可可脂替代品的結構不同，對健康的影響也不同。可可脂富含多酚類物質，具有抗氧化功能，可以保護人體對抗壹系列疾病，減少衰老帶來的影響。德國、瑞典等國都有“巧克力防中風”的研究。研究人員發現，食用適量的巧克力確實可以降低中風的風險。因為黑巧克力中含有具有抗氧化作用的黃酮類物質，可以防止血管硬化，增加心肌活力，放松肌肉，有利於防治心血管疾病，所以要多吃可可脂含量較高的黑巧克力。
警惕“代可可脂”巧克力對健康的危害