可采用藥物或(和)手術治療(保守或根治)。到目前為止，除了根治手術，還沒有理想的根治方法。藥物治療和保守手術都有很高的復發率。所以要根據患者的年齡、癥狀、體征、病變範圍、生育要求、患者的主觀意願等因素進行選擇，強調個體化治療。主張選擇合適的藥物積極治療，結合密切隨訪，註意卵巢囊腫性質的變化，再采取相應的對策。對於輕微或無癥狀的病變，期待治療；有生育要求的輕癥患者明確診斷後應先進行藥物治療，病情嚴重者應進行保留生育能力手術治療；對無生育要求的年輕重癥患者，保留卵巢功能，輔以藥物治療是可行的；對於癥狀和病變嚴重的不孕患者，根治性手術是可行的。
手術方式有兩種:開腹手術和腹腔鏡手術。腹腔鏡手術是治療這種疾病的最好方法。目前認為腹腔鏡診斷、手術和藥物是治療子宮內膜異位癥的金標準。有條件的醫院應首選腹腔鏡手術治療子宮內膜異位癥。然而，腹腔鏡手術的選擇和效果在很大程度上取決於設備、器械和操作者的經驗和技能。開腹手術可用於無法進行或非常復雜的腹腔鏡手術，如嚴重粘連和多次手術史。