2.毛黴腐乳:毛黴用豆腐腦坯培養，稱為前發酵，使白色菌絲遍布豆腐腦坯表面，形成堅韌的皮膜，積累蛋白酶，為腌制和裝罐的後發酵創造條件。
毛黴的生長溫度較低，最適生長溫度約為65438±06℃。壹般毛黴腐乳只能在冬季低溫的條件下生產。傳統技術利用空氣中的毛黴自然接種，大約需要10-15天(適合家庭作坊生產)。也可以培養純毛黴，人工接種，15-20℃培養2-3天。
3.根黴型腐乳:可利用耐高溫的根黴經過純菌培養和人工接種後生產，但根黴較細，呈淺灰色，蛋白酶和肽酶活性較低，生產出來的腐乳形狀、色澤、風味和理化品質都不如毛黴的好。
結合以上優缺點，通過實驗，混合菌種腐乳不僅可以增加其風味。還可以減少輔料中白酒的用量，降低成本，提高經濟效益。毛黴與華根黴的最佳比例為7: 3。