1.轉基因玉米是通過現代分子生物學技術對特定玉米品系進行基因工程改造；但是，普通玉米並沒有使用基因生物改造技術。
2.普通玉米不含任何轉基因成分。
3.轉基因食品主要是關於健康、環境、倫理和國家安全的爭議；傳統玉米受到病蟲害等外部威脅。
轉基因玉米是利用現代分子生物技術，將遠緣種和有用種的植物的基因導入到需要改良的玉米遺傳物質中，使其後代體現出人們所追求的遺傳性狀穩定的玉米。壹般來說，轉基因玉米是把其他玉米的優點集中在壹種玉米上的結果。
轉基因玉米的特點:如果從外觀上區分，抗蟲基因的玉米個頭大，有光澤，大小均勻，整齊美觀，沒有蟲眼。目前轉基因玉米是用bt蛋白基因轉化，可以使玉米表達bt蛋白，產生抗蟲效果。蛋白質不會改變玉米的外觀和其他特性，所以轉基因玉米和普通玉米的外觀是壹樣的，肉眼無法分辨。如果想有效區分是不是轉基因玉米，可以通過實驗或者分子分析來區分。