許多人把它誤認為荷蘭防風草，從而犯了壹個潛在的致命錯誤。水芹的全身含有壹種毒素，稱為toxigenin，但這種毒素主要集中在主根上，任何人誤將它當成荷蘭防風草食用，都將面臨迅速死亡的危險。許多人認為它是北美最致命的植物。主要毒性成分為毒芹、甲基毒芹和毒芹毒素。毒堿的作用類似於箭毒，能麻痹運動神經，抑制延髓中樞。人體中毒劑量為30-60毫克，致死劑量為120-150毫克；加熱幹燥可以降低鐵杉的毒性。毒素主要興奮中樞神經系統。
水芹中所含的毒根素，食用後不久感到口腔和咽喉有燒灼感和刺痛，繼而胸悶、頭痛、惡心、嘔吐，吐沫有特殊的鼠尿味，易疲勞、嗜睡；其次是四肢無力、行走困難、痙攣、肌肉震顫；四肢麻痹(先下肢後上肢)，眼瞼下垂，瞳孔散大，失聲，常因呼吸肌麻痹而窒息。死亡期最短幾分鐘，老人可達25小時。即使僥幸活下來，也會面臨長期的亞健康問題，比如失憶等等。