2.法律關系不同。在特許經營鏈中，特許人和受許人之間是壹種契約關系。雙方通過締結特許經營合同建立關系，通過合同明確各自的權利和義務，而總部與直營連鎖分支機構的關系由內部管理制度調整。
3.管理模式不同。特許經營鏈的核心是特許經營權的轉讓。特許人是轉讓方，受許人是接收方。特許經營制度是由特許人和受許人簽訂特許經營合同而形成的。在直營連鎖經營中，總部擁有各分店的所有權，有權決定分店經營中的每壹項具體事宜。
4.涉及不同的業務領域。直營連鎖的範圍僅限於商業和服務業，而特許連鎖的範圍要廣得多。除了商業、零售、服務業、餐飲業、制造業、高科技信息產業等領域，還廣泛應用於制造業。
5.經營模式不同，直營店有兩種模式，即轉店直銷、租店直銷、轉店直銷。模式就是把店鋪和店內所有東西壹起轉讓。