因為新鮮黃花菜中含有壹種“秋水仙堿”物質，雖然無毒，但在參與人體代謝的過程中，被胃腸道吸收，產生秋水仙堿氧化物。秋水仙堿氧化物對人體呼吸道和胃腸道有強烈刺激作用，主要癥狀為惡心、胃痛、腹瀉、嚴重血尿。因為鮮黃花菜的“秋水仙堿”成分在60度的高溫下會被削弱或消失，采摘下來的鮮黃花菜不宜直接食用。先將鮮黃花菜用開水焯水，然後用清水浸泡2小時以上，再取出用水沖洗，這樣可以破壞秋水仙堿，食用鮮黃花菜是安全的。當然，把黃花菜蒸幹做成幹黃花菜上市，隨時可以放心食用。
中醫認為，黃花菜性平，味甘，微苦，歸肝、脾、腎經；具有清熱利濕、解毒消腫、止血除煩、寬胸膈、養血平肝、利尿通乳、利咽擴胸、清濕熱、生乳、補充維生素、粗纖維素和微量元素的功效，具有潤燥潤燥的功效。
當然，患有皮膚瘙癢的人不宜食用，黃花菜含粗纖維較多，腸胃病患者慎吃。
總之，新摘的黃花菜不經過處理，不能直接用方便面吃。