但青色的番茄並不適合食用，因為經紫外分光光度法測定，未成熟的青色番茄含有番茄紅素，番茄紅素是壹種類似茄堿的生物堿苷，對人體有溶血作用。吃了藍番茄會覺得嘴裏發苦，吃後十幾分鐘到幾個小時就能中毒。癥狀包括口幹、舌頭麻木、惡心、嘔吐、腹痛和腹瀉，嚴重者可能包括發燒、氣短、頭暈、耳鳴、畏光和抽搐。
有人說，如果妳把藍色的西紅柿放很長時間，它們會變紅。能生吃嗎？答案也是否定的，因為青色的番茄經過長時間的存放，重新變成紅色後，番茄紅素減少甚至消失。但番茄經過長期存放，表皮中的農藥大量滲透到果實中，果實中的亞硝酸鹽含量大大增加。生吃西紅柿後，會出現不同程度的缺氧癥狀，如發紺、氣短、惡心、嘔吐、腹痛、腹瀉，甚至昏迷抽搐，甚至死亡。所以，即使時間長了番茄變紅了，也不要生吃。
但並不是所有的藍番茄都不能生吃。壹些雜交的綠色聖女果在果實成熟時仍然是綠色的，可以生吃。比如北京市農林科學院育成的青櫻桃番茄品種翡翠1。