2、外觀不同。花菇表面呈黑白色，帶明顯黑白裂開花紋，紋路凹凸不平，菇朵比較肥厚，而香菇壹般表面呈黑色或黑褐色，菇朵平滑厚實，菇內褶皺呈淡黃色，肉質比花菇略薄；
3、營養價值不同。花菇因為養殖要求更高，人為幹涉更多，生長速度更慢，所以成品營養吸收更多，多吃花菇可以幫助消化、促進新陳代謝等多種功效，藥用價值較高，更有著“植物皇後”之稱，而香菇因為養殖要求更低，生長速度更快，所以營養價值比花菇低；