該病毒儲存宿主蝙蝠，及哺乳動物（刺猬、松鼠、野兔等），這些野生動物受染後為輕癥感染或隱性感染，但病毒血癥期限有長有短，如刺猬約23天。蜱是森腦病毒傳播媒介，又是長期宿主，其中森林硬蜱的帶病毒率最高，成為主要的媒介。當蜱叮咬感染的野生動物，吸血後病毒侵入蜱體內增殖，在其生活周期的各階段，包括幼蟲、稚蟲、成蟲及卵都能攜帶本病毒，並可經卵傳代。牛、馬、狗、羊等家畜在自然疫源地受蜱叮咬而傳染，並可把蜱帶到居民點，成為人的傳染源。