營養專家指出，采收的洋蔥經幹燥處理後，能貯存較長時間不會發芽或黴爛。但未經幹燥處理或存放不當，也會發芽或腐爛，通常洋蔥在15攝氏度左右最容易發芽。發了芽的乃至長出青苗的洋蔥不會產生有害人體的物質，故仍可以吃。
但是，洋蔥發芽後鱗塊部分的營養物質會轉移到頂部供芽生長，致使營養成分下降。另外，洋蔥發芽後會影響其商品價值，其味也較辣。所以，應將洋蔥置於陽光下曬壹段時間，然後放在通風幹燥處，盡量避免其發芽。