根據衛生署的規定，皮蛋的鉛含量不得超過2ppm，銅含量不得超過8ppm。而且農業行政單位還輔導經營者生產優質皮蛋，做到鉛含量不超過0.3ppm，銅含量不超過5ppm。所以大部分有資質廠家的浸漬液都不添加重金屬或者含量很少。
皮蛋的營養成分與普通雞蛋頗為相似，腌制過程經歷了強堿的作用，使蛋白質和脂類分解，變得易於消化吸收，降低膽固醇。用鐵劑熟化，所以鐵含量也高。但是，維生素B和必需氨基酸被破壞了。
據有關食品專家的檢驗分析，幹凈的皮蛋殼上只有400到500個細菌，而臟的皮蛋殼上卻有多達1和4億到4億個細菌。如果這些細菌通過蛋殼的氣孔大量進入雞蛋，吃這樣的皮蛋就會中毒。
沙門氏菌是主要的細菌。它隨皮蛋進入人體後，在腸道痕跡膜上引起炎癥。細菌分裂後會產生劇毒內毒素，引起中毒癥狀。