遊戲的故事延續自《塞爾達傳說:眾神的三角力量》。林克環遊世界修行，卻在海上遇上風暴，漂流到壹個叫克胡林島的小島上，被女主角瑪琳(不是塞爾達)救起。島上的貓頭鷹告訴林克，只有喚醒風中的魚，他才能離開這座島，而喚醒風中的魚需要島上分布的八件樂器，於是林克開始尋找樂器，破壞這座島。
起初夢之島是作為GB上玩家玩諸神三角力量的便攜版出售的，但並不是獨立項目。雖然當時的總策劃卓誌並沒有得到創作者宮本茂的認可，但他還是帶著其他成員在業余時間投身於這款非官方的秘密塞爾達遊戲，他們創造了壹個沒有塞爾達公主和反派大炮的世界。這個項目最終得到了任天堂的支持，夢之島成為了第壹個沒有宮本茂參與的塞爾達傳說。