自新元年(公元23年)，始皇帝劉璇稱帝，三福地區相繼被亂兵入侵。人們感到震驚和恐懼。強大的宗族和大家族為了保護自己而爭鬥，沒有人願意帶頭。劉玄平經常聽到吉果的名聲，稱他為左鳳儀，以安撫人民。建武元年(公元25年)，光武帝劉秀登基稱帝，建立東漢政權，任命吉果為永州牧，後調任尚書令。吉果多次給光武提建議。建武四年(公元28年)，吉果出任中山太守。建武五年(公元29年)，東漢末年滅彭寵，吉果調任漁陽太守。漁陽已經遭受了王莽時期的動亂，彭寵被打敗了。人們既狡猾又壞，到處都是小偷和強盜。吉果到了漁陽後，宣布百姓有功必賞，並殺了賊頭，賊頭就散了。當時匈奴多次入侵東漢的郡界，邊民深受其害。吉果重組了軍事力量，設計了進攻和防禦的戰略措施。匈奴人不敢離開，不敢再入侵東漢邊境，人民才能安居樂業。吉果上任五年，戶口數量翻了壹番。
後來，潁川壹帶盜賊興起，建武九年(公元33年)，朝廷冊封吉果為潁川太守。吉果被召見告別時，光武帝安慰他，稱他為賢德太守，希望他的地方職務能給北京帶來好的影響，並說他雖然精通打獵，但山路險惡，壹定要小心。到了潁川之後，又招募了的山賊、襄城的吳等數百人。所有這些人都向吉果投降，吉果把他們都送回老家務農。他上書彈劾自己，自己主動行動。光武帝很欣賞他的策略，所以沒有責怪他。此後，趙紅和吳釗的黨羽聽說吉果的威望和忠誠來自江南，壹些人從隱蔽的地方和河北叛逃。當時朝廷很多人都推薦吉果當將軍，但是光武帝沒有召他，因為當時並州部分地區還有房鹿，匈奴還沒有平定，所以想讓吉果在這裏多幹些時間。吉果知道房鹿做小偷已經很久了，很難壹下子制服他。所以他經常嚴守烽火臺，公開懸賞捉拿他，以此來分賊。隋玉，房鹿的部，密謀脅迫房鹿投降吉果，和房鹿逃到匈奴。
之後，吉果以年老多病為由向法院提出辭職。建武二十二年(公元46年)，吉果被朝廷招為中醫，並為其家人賜房、幕、錢谷。吉果立即將這些物品分發給他的親戚，他壹點也沒有保留。建武二十三年(公元47年)，吉果逝世，享年86歲。光武帝親自前去吊唁，並給他辟了墓地。