學校創建於1996年，完全中學建制，先後榮獲國家級“讀書育人”特色學校，全國群眾體育先進單位，省第五、六、七、八、九屆“文明單位”，省愛國主義教育示範學校，省語言文字規範化示範學校，省“綠色學校”，省現代教育技術實驗學校，省少年科學院會員單位，省“五四”紅旗團委，市首屆“十佳”文明學校，市“無煙學校”和市傑出“青少年維權崗”先進單位等光榮稱號。
學校以“格心致遠，學達德彰”為校訓，確立了“寬容，尊重，和諧，發展”的管理理念，實現以人為本的培養目標，建立全面關懷的教學體系，提升領先時代的辦學理念，創造可持續發展的教育天地。學校實行封閉式管理、開放式教學，以質量求生存，以管理求發展。建校十七年來學，辦學成績斐然，特別是高考、中考，連創輝煌：
2011年高考實現歷史性突破，以驕人的成績榮獲“2011亳州市高中教學成果優秀獎”的壹等獎和特殊貢獻獎，是2011年度全市唯壹壹個榮獲兩項大獎的學校。壹批學生考入全國十大名校：文科高三（12）班應屆畢業生劉雪蓮同學以642分榮獲全省第二名（僅比安徽省文科狀元少4分，安徽省文科狀元為646分），摘取亳州市文科“狀元”桂冠，打破亳州市文科高考記錄，被北京大學錄取；理科高三（7）班應屆畢業生王劍鋒同學勇奪全縣應屆理科第三名，被南開大學錄取；高三（7）班應屆畢業生趙凡同學被中國科技大學錄取……
2012年高考再創輝煌：根據蒙城縣教育局統計數據，蒙城六中2012年參加高考1556人，600分以上19人，壹本達線137人，本科達線1018人，本科達線率65.42%，其中理科達線率70.04%，均位列蒙城縣所有高中學校第壹名。而且，2012本科達線率比去年的54.59%高出10.83個百分點，比全省本科平均上線率40%高出25.42個百分點。學校再次以全市市級示範高中教學質量第壹的成績獲亳州市教學成果壹等獎，並被市教育局通報表彰。
2014高考再創佳績，喬卉楠，紹洪光，分別獲得縣文科第壹名和第三名。重點達線率全市第壹，零班全部達壹本線。
學校逐年嚴格控制班級人數，推行小班化教學；優越的辦學條件、優美的育人環境吸引著八方學子。
蒙城六中校堅持“德育為首、育人為本，全面貫徹黨的教育方針，實施素質教育”的辦學思想，建立了較為完善的德育管理體系，形成了“科學育人、全面育人，全程育人”的新格局。學校堅持科研興校、科研興師、科研興教，把教科研作為關系到學校可持續發展的重大工程。定課題、建機制、抓教研、促教學，打造富有個性特色和群體智慧的教師隊伍，全面提升學校的教育教學質量。